複合ヘテロ接合体 — バリアント数よりもフェーズが重要な理由
なぜこれが重要なのか？
常染色体劣性疾患では、疾病表現型は通常、遺伝子の2つのコピーの両方で十分な機能が失われた場合にのみ発現します。シーケンシングによって同じ遺伝子内の2つの稀な変異が同定されたように見えても、これらの変異が同じ染色体のコピーに存在するのか、それとも異なる染色体のコピーに存在するのかを決定することが不可欠です。この位置関係はフェーズとして定義されます。
2つの変異が相同染色体の別々のコピー上に位置している場合、それらはトランスにあると記述されます。両方が同じ染色体のコピー上に存在する場合、それらはシスにあります。複合ヘテロ接合という用語は、通常、2つの異なる変異がトランスにある状態を指します。したがって、重要な問いは単に変異の数ではなく、各アレルが影響を受けているかどうかです。
主要概念
個人は通常、各常染色体遺伝子の2つのコピーを1つずつ両親から継承しています。劣性疾患では、1つの病的変異のみを持つ個体において、もう一方のコピーがその機能を補償することがあります。2つの異なる病的変異がトランス（trans）に位置する場合、両方のコピーに影響が生じ、疾患の病態と整合します。一方、変異がシス（cis）に位置する場合、反対側のコピーは影響を受けていない可能性が高く、この説明は適用できません。
フェーズは、両親の検査および家系内での分離解析によって決定できます。母親に1つの変異、父親にもう1つの変異が存在することは、一般的にトランス配置を支持します。ロングリードシーケンシング、リードバックドフェーシング、またはその他の分子アッセイを用いて、2つの座位を直接結びつけることも可能です。しかし、変異同士が遠く離れている場合や、家系サンプルが利用できない場合は、フェーズが未確定のままとなる可能性があります。
小規模な家系の例
患者がバリアントAとBの2つの変異を持っていると仮定します。変異Aが母親のみで検出され、変異Bが父親のみで検出される場合、患者は2つの変異を異なるアレルから継承したと解釈できます。一方、AとBの両方が母親に存在し、父親には存在しない場合、2つの変異がシス（cis）にある可能性が非常に高くなります。
この例はフェーシングを示していますが、各変異の病原性を証明するものではありません。AとBの両方がVUS（意義不明の変異）である場合、トランス（trans）構成を確認することは位置情報を追加しますが、2つの変異を自動的に病原性があると分類するものではありません。
PM3エビデンスの解釈方法
ACMG/AMPガイドラインにおけるPM3は、常染色体劣性疾患において病原性変異と trans 状態にある変異が観察された場合に適用されるエビデンス基準です。ClinGenの推奨事項では、観察された症例数、 trans 側のパートナー変異の分類、およびフェーズの確実性に基づいて、このエビデンスの重みを調整します。親の検査を行わずフェーズが不明な観察結果は、 trans であることが確認されたものよりも弱いと見なされます。
また、同一患者または同一家族の構成員からの複数の観察結果を独立した事例として数えてはなりません。PM3は、遺伝子-疾患関連性と劣性機構がすでに確立されていることを前提として適用され、それ自体が決定的な分類を構成するものではありません。
診断的解釈に必要な残りの要素
2つのバリアントのフェーズに加え、各集団頻度、機能的影響、スプライスサイトの保存性、既存の臨床報告が評価される。患者の表現型は疾患との整合性、発症年齢と重症度の説明の有無、および他の遺伝子や非遺伝的要因の方が適切かどうかについて評価される。
複合ヘテロ接合体状態は、コピー数バリアントが1つのアレルを欠失し、もう一方のアレルに小さな配列バリアントが存在する場合など、異なるバリアントクラスによって形成されることもある。アッセイの範囲が1種類のバリアントのみを良好に検出する場合、2番目のアレルは見逃される可能性がある。
混乱しやすい共通点
ヘテロ接合は、1つの座にある2つのアレルが異なることを示すのに対し、複合ヘテロ接合は同じ遺伝子内の2つの異なる変異を指します。- 2つの変異が同じ遺伝子に存在するだけでは、それらがtrans（トランス）配置にあることを意味しません。
- transは位置関係を示し、病原性は臨床的意義を示すため、これらは別々に評価する必要があります。
- 劣性疾患の原則を、優性疾患やX連鎖疾患に直接適用することはできません。
限界
親の1人における低レベルモザイク、de novo事象、アレルドロップアウト、またはサンプルの混入は、単純な家系解釈を複雑にする。直接フェーシングもまた、リード長と情報変異の位置によって制限される。不確実性を伝えるために、報告書は確認されたトランス、推定されたトランス、およびフェーズ不明を区別すべきである。
最終的な診断結果は、フェーズ、変異分類、遺伝子-疾患の有効性、遺伝パターン、および患者の表現型の包括的レビューに由来する。
文脈における解釈
バリアントの機能的エビデンスが分類にどのように組み込まれるかは、機能的アッセイとバリアント解釈の概念で扱われ、モザイク性とアレル頻度の落とし穴は生殖細胞系と体性の概念で取り上げられています。