AnnotSV — アノテーションと臨床分類の間
なぜこれが重要なのか？
構造変異（SV）およびコピー数変異（CNV）は、単一の座標間隔内に複数の遺伝子および制御領域を含み得ます。ブレイクポイントが不正確である場合や、異なる呼び出しツールが異なる表現法を採用している場合、すべてのデータベースを手動で照合することは非現実的です。AnnotSVは、変異座標に遺伝子、集団、疾患、および用量感受性の情報を注釈付けし、レビュー用に解釈可能なテーブルに整理します。
注釈付けは解釈を加速しますが、生データに内在する不確実性を排除するものではありません。入力呼び出しツールによって見逃された事象や誤って呼び出されたブレイクポイントは、豊富な注釈付けだけでは修正できません。
入力によって決定されるスコープ
AnnotSVは、BEDやVCFなどの形式で表現されるSV/CNVの染色体、開始位置、終了位置、およびタイプを受け入れます。異なるゲノムビルドでは、同じ数値座標が全く異なるゲノム領域を指す可能性があるため、ビルドを正確に指定する必要があります。コールヤーのフィルター、信頼区間、およびサンプルの遺伝子型も保持されなければなりません。
SVの表現はコールヤーによって異なります。1つの複雑な事象が複数のレコードに分割される場合や、相互的な事象が逆方向に記録される場合があります。正規化とサンプルレベルでのレビューを行わない限り、1行を1つの事象と確定して等価視することはできません。
含めるべき情報
ツールは、重複する遺伝子およびトランスクリプト、既知の病原性領域、集団構造的変異（SV）、表現型および疾患データベース、ヘロイズフィシエンスおよびトリポセンシティティなどの用量証拠を統合できる。完全な包含と部分的な重複には明確な意味の違いがあり、単一のエクソンのみが影響を受ける場合、トランスクリプトと読み枠は個別に評価されなければならない。
データベースにエントリーが存在しないことは希少性を示唆する可能性があるが、病原性を証明するものではない。逆に、集団データベースとの重複があったとしても、サイズ、ブレイクポイント、表現型、またはヘテロ接合性が異なる場合、それは同じ良性事象を表していない可能性がある。
ランキングと臨床分類
自動化されたランキングは、レビュー対象となる候補バリアントを優先順位付けするためのツールです。ACMG/ClinGen CNV基準は、遺伝子含有量、用量感受性、集団エビデンス、遺伝様式、表現型の評価を構造化しますが、専門家の判断を組み込んでいます。AnnotSVのクラスまたはスコアを最終的な臨床分類としてそのままコピーしてはいけません。
ツールでは患者の表現型、家系分離、検査目的を完全に特定することはできません。de novo 状態、モザイク、および劣性遺伝子の第2アレルは別途レビューする必要があります。
小さな例
ある欠失が用量感受性遺伝子のいくつかのエクソンと重なり合っていると仮定します。注釈テーブルには遺伝子名と関連疾患が表示されるかもしれませんが、主要なトランスクリプトのリーディングフレームが破壊されているかどうか、ブレイクポイントがエクソンの外側にあるかどうか、他のトランスクリプトが機能を保っているかどうかを確認する必要があります。さらに、ブレイクポイントの不確実性は低解像度アレイとシーケンシングベースの方法の間で異なります。
同じ座標が表現型に異常のない親で観察された場合でも、不完全浸透率、可変発現性、および未評価の親の表現型の可能性が残ります。
再現性
AnnotSVのバージョン、注釈データベースのリリース日およびダウンロード日を記録してください。これにより、結果の違いが知識の変化に起因するのかソフトウェアの変化に起因するのかを区別できます。監査を可能にするために、元のVCFファイル、正規化された入力、コマンドオプション、および出力を保存してください。
一般的な誤解
- アノテーションは変異検出や直交検証に取って代わるものではありません。
- 遺伝子の重複は遺伝子破壊と同等ではありません。
- ランク1が原因変異を確認するものではありません。
- 自動分類は臨床専門家の最終分類とは異なります。
解釈の境界
結果は、入力呼び出し元、ゲノムビルド、ブレイクポイントの不確実性、およびデータベースのスナップショットに依存します。臨床的解釈には、表現型、遺伝様式、アッセイの分解能、および現在のACMG/ClinGen基準の包括的なレビューが必要です。
文脈における読み取り
CNV確認方法はqPCR CNVに関連付けられ、アッセイ固有のSVブラインドスポットはWGS、WES、およびパネルに関連付けられ、参照座標の問題はリファレンスゲノム概念に関連付けられます。