ATAC-seq — 「開いたクロマチンを直接観察する」という表現の範囲
なぜ重要なのか
ATAC-seqは、Tn5トランスポソームがアクセスしやすいDNA領域にアダプターを挿入した後、断片化されたDNAをシーケンシングすることでクロマチンのアクセシビリティを推定する手法です。ピーク（peak）は「その領域でアクセシビリティのシグナルが濃縮されている」ことを意味しますが、特定の転写因子が結合していることや遺伝子が発現していることの直接的な証拠ではありません。TSSエンリッチメント、FRiPスコア、フラグメント周期性、ライブラリの複雑さ（complexity）、ミトコンドリアリードの割合、およびレプリケート間の一致度を併せて報告し、single-cell解析ではスパース性（sparsity）、ダブルット（doublet）、バッチ効果を追加で確認する必要があります。QCカットオフ値は、組織の種類やプロトコルに応じて解釈します。
解釈の境界
本稿は概念と根拠の範囲を説明するものであり、個々の患者に対する診断・検査・治療の判断を提示するものではありません。