AnnotSV — entre la anotación y la clasificación clínica
Por qué es importante conocerlo
Las variantes estructurales (SV) y las variantes del número de copias (CNV) pueden contener varios genes y regiones reguladoras dentro de una única coordenada. Si los puntos de ruptura no son precisos o si diferentes programas de detección utilizan distintas representaciones, resulta difícil para el humano comparar manualmente todos los datos con las bases de datos correspondientes. AnnotSV adjunta información sobre genes, poblaciones, enfermedades y sensibilidad a la dosis a las coordenadas de la variante, organizándola en una tabla revisable.
La anotación acelera la interpretación, pero no elimina la incertidumbre de los datos originales. Los eventos pasados por alto o los puntos de ruptura incorrectos detectados por el programa de entrada no se corrigen mediante una anotación rica en detalles.
El alcance está determinado por la entrada
AnnotSV recibe la cromosoma, inicio, fin y tipo de las SV/CNV expresadas en formatos como BED o VCF. Dado que diferentes versiones del genoma pueden hacer que las mismas coordenadas numéricas apunten a regiones completamente distintas, es necesario especificar con precisión la versión del genoma (build). También deben conservarse los filtros del programa de detección, los intervalos de confianza y el genotipo de la muestra.
Las representaciones de SV varían según el programa de detección; un evento complejo puede dividirse en varios registros, o los eventos recíprocos pueden registrarse en direcciones opuestas. Sin normalización ni revisión a nivel de muestra, no se debe asumir que una fila corresponde inequívocamente a un único evento.
Qué información se adjunta
La herramienta puede combinar genes y transcritos superpuestos, regiones patogénicas conocidas, SV poblacionales, bases de datos de fenotipos/enfermedades, y evidencias de dosis como la haploinsuficiencia y la triplosensibilidad. La inclusión total y la superposición parcial tienen significados distintos; en los casos en los que solo se afecta un exón, deben analizarse por separado el transcrito y el marco de lectura.
El hecho de que algo no figure en una base de datos puede sugerir rareza, pero no demuestra patogenicidad. Por otro lado, si la superposición con bases de datos poblacionales difiere en tamaño, punto de ruptura, fenotipo o cigosidad, no necesariamente se trata del mismo evento benigno.
Clasificación y ranking clínico
El ranking automático es una herramienta que coloca los candidatos a revisar en primer lugar. Los criterios ACMG/ClinGen para CNV estructuran la evaluación del contenido génico, la sensibilidad a la dosis, la evidencia poblacional y la herencia junto con el fenotipo, pero incluyen un juicio experto. No se deben copiar directamente las clases o puntuaciones de AnnotSV como clasificación clínica final.
Las herramientas no pueden conocer completamente el fenotipo del paciente, la segregación familiar ni el propósito de la prueba. También es necesario revisar por separado si los variantes son de novo, la mosaicidad y el segundo alelo de los genes recesivos.
Ejemplo pequeño
Supongamos que una deleción se superpone con algunos exones de un gen sensible a la dosis. Aunque la tabla de anotación puede mostrar el nombre del gen y la enfermedad, es necesario verificar si se rompe el marco de lectura del transcrito principal, si los puntos de ruptura están fuera de los exones y si otros transcritos mantienen su función. La certeza también difiere entre los puntos de ruptura basados en arrays de baja resolución y los basados en secuenciación.
Si las mismas coordenadas se observan en los padres y estos parecen sanos, persiste la posibilidad de penetrancia reducida, expresividad variable y una evaluación incompleta del fenotipo parental.
Uso reproducible
Registre no solo la versión de AnnotSV, sino también la versión de la base de datos de anotación y la fecha de descarga. Distinga si las diferencias en los resultados antes y después de la actualización se deben a cambios en el conocimiento o a cambios en el software. Para permitir la auditoría, es necesario conservar junto con ello el VCF original, la entrada normalizada, las opciones del comando y la salida.
Puntos confusos
- La anotación no sustituye a la detección de variantes ni a la confirmación ortogonal.
- La superposición génica no equivale a la interrupción génica.
- El primer puesto en el ranking no confirma que sea la variante causal.
- La clase automática y la clasificación final del experto clínico son diferentes.
Límites de la interpretación
Los resultados dependen del llamador de variantes de entrada, la versión del genoma, la incertidumbre de los puntos de ruptura y la instantánea de la base de datos. La interpretación clínica requiere revisar conjuntamente el fenotipo, la herencia, la resolución del ensayo y los criterios actuales de ACMG/ClinGen.
Lectura conectada
Los métodos de confirmación de CNV se relacionan con qPCR de CNV; los puntos ciegos de SV de cada prueba, con WGS, WES y paneles; y los problemas de coordenadas de referencia, con el concepto Genoma de referencia.