AnnotSV — annotation과 임상 분류 사이
왜 알아야 하는가
구조변이(SV)와 copy-number variant(CNV)는 한 줄의 좌표 안에 여러 유전자와 조절영역을 포함할 수 있습니다. breakpoint가 정확하지 않거나 서로 다른 caller가 다른 표현을 쓰면 사람이 모든 데이터베이스를 일일이 대조하기 어렵습니다. AnnotSV는 variant 좌표에 gene, population, disease와 dosage-sensitivity 정보를 붙여 검토 가능한 표로 정리합니다.
annotation은 해석을 빠르게 하지만 원자료의 불확실성을 없애지 않습니다. 입력 caller가 놓친 event나 잘못 잡은 breakpoint는 풍부한 annotation으로 고쳐지지 않습니다.
입력이 결정하는 범위
AnnotSV는 BED, VCF 등으로 표현된 SV/CNV의 chromosome, start, end, type을 받습니다. genome build가 다르면 같은 숫자 좌표가 전혀 다른 영역을 가리킬 수 있으므로 build를 정확히 지정해야 합니다. caller의 filter, confidence interval과 sample genotype도 보존해야 합니다.
SV 표현은 caller마다 달라 하나의 복잡 event가 여러 record로 분리되거나 reciprocal event가 다른 방향으로 기록될 수 있습니다. normalization과 sample-level review 없이 행 하나를 사건 하나로 단정하지 않습니다.
어떤 정보를 붙이는가
도구는 겹치는 gene과 transcript, known pathogenic region, population SV, phenotype·disease database, haploinsufficiency와 triplosensitivity 같은 dosage evidence를 결합할 수 있습니다. 완전 포함과 부분 overlap은 의미가 다르고, exon 하나만 영향을 받는 경우 transcript와 reading frame을 따로 봐야 합니다.
database에 없다는 사실은 희귀함을 시사할 수 있지만 병원성을 증명하지 않습니다. 반대로 population database의 overlap도 크기와 breakpoint, phenotype과 zygosity가 다르면 같은 benign event가 아닐 수 있습니다.
Ranking과 임상 분류
자동 ranking은 검토할 후보를 앞에 배치하는 도구입니다. ACMG/ClinGen CNV 기준은 gene content, dosage sensitivity, population evidence, inheritance와 phenotype을 구조화해 평가하지만 전문적 판단을 포함합니다. AnnotSV의 class 또는 score를 최종 clinical classification으로 그대로 복사해서는 안 됩니다.
환자 phenotype, 가족 분리와 검사 목적을 도구가 완전히 알 수 없습니다. de novo 여부, mosaicism과 recessive gene의 두 번째 allele도 별도 검토가 필요합니다.
작은 예시
한 deletion이 dosage-sensitive gene의 일부 exon과 겹친다고 합시다. annotation 표에는 gene 이름과 disease가 표시될 수 있지만, 실제로 주요 transcript의 reading frame을 깨는지, breakpoint가 exon 밖인지, 다른 transcript가 기능을 유지하는지 확인해야 합니다. low-resolution array와 sequencing 기반 breakpoint의 확실성도 다릅니다.
같은 좌표가 부모에게서 관찰되고 부모가 겉으로 건강해도 reduced penetrance, variable expressivity와 부모 phenotype 미평가 가능성이 남습니다.
재현 가능한 사용
AnnotSV version뿐 아니라 annotation database release와 download date를 기록합니다. 업데이트 전후 결과 차이는 지식 변화인지 software 변화인지 구분합니다. 원 VCF, normalized input, command option과 output을 함께 보존해야 audit이 가능합니다.
혼동하기 쉬운 점
- annotation은 variant detection이나 orthogonal confirmation을 대신하지 않습니다.
- gene overlap은 gene disruption과 같지 않습니다.
- ranking 1위는 causal variant 확정이 아닙니다.
- 자동 class와 임상 전문가의 최종 classification은 다릅니다.
해석 경계
결과는 input caller, genome build, breakpoint uncertainty와 database snapshot에 좌우됩니다. 임상 해석에는 phenotype, inheritance, assay resolution와 현행 ACMG/ClinGen 기준을 함께 검토해야 합니다.
연결해서 읽기
CNV 확인법은 qPCR CNV, 검사별 SV blind spot은 WGS·WES·panel, reference 좌표 문제는 Reference genome Concept과 연결됩니다.