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Protein & Antibody Workflows — Bottom-up MS first child

Organice las proteínas por flujo de trabajo, no por una lista interminable de nombres

Este flujo acotado comienza con una solución proteica cuantificada y compatible, conecta una fuente exacta de digestión, un IFU de limpieza RP y la entrega real al centro analítico. Toda modificación del protocolo del fabricante debe quedar explícita.

Protocolo inicial editable

1 flujo acotado

¿Qué hace este protocolo?

La cuantificación, la digestión, la limpieza y la instalación receptora son bloques independientes. No mezcles FASP, S-Trap, SP3, iST ni digestión en gel como si fueran una sola ruta.

Alcance compatible

  • • B. Bottom-up MS · in-solution + RP cleanup

Límites de aplicación

Las condiciones permanecen ligadas a la fuente y a la revisión verificadas. No se mezclan valores entre kits, instrumentos, rutas o perfiles distintos ni se declara un éxito experimental universal.

PRT-PROTEIN-BOTTOMUP-NORM-001B. Bottom-up MS · in-solution + RP cleanup

Digestión proteica en solución y limpieza de péptidos RP gobernadas por fuente

Protein & Antibody Workflows > Bottom-up MS Proteomics · PRT-PROTEIN-B1-P1A-P1B-20260828

Guía oficial revisada
QUANTIFIED_COMPATIBLE_SOLUTION_ONLYFOUR_SOURCE_BLOCKS_REQUIREDSOURCE_GOVERNED_COMPOSEDCONNECT_HANDOFF_CONTRACT_REQUIREDONE_EXACT_RP_CLEANUP_IFUADD_REMOVE_REPLACE_FOR_PERSONALIZATIONNO_UNIVERSAL_NUMERIC_DEFAULTSPRE_ACQUISITION_HANDOFF_RESEARCH_ONLY

BASE DEL FLUJO DE PROTEÍNAS

Propósito y alcance

Convierte una solución proteica de investigación cuantificada y compatible con la matriz en una entrega peptídica previa a la adquisición, específica del centro. No certifica la idoneidad de inyección ni el éxito analítico.

Registro inicial obligatorio

  • identidad de la muestra, función del material y propósito
  • concentración, volumen disponible y procedencia del ensayo
  • buffer, aditivos e historial upstream exactos
  • estado de reducción y alquilación
  • fuentes exactas de digestión, limpieza y centro receptor

Antes de comenzar

  • registre la matriz actual completa
  • compruebe la compatibilidad del kit de ensayo exacto
  • evite repetir química ya realizada
  • fije producto, catálogo y revisión de proteasa y limpieza
  • confirme primero si el centro recibe material seco o reconstituido

Reglas de decisión y parada

  • una entrada sin cuantificar o con matriz desconocida bloquea la exportación
  • precipitación, intercambio de buffer o eliminación de detergente ocultos requieren otra ruta
  • FASP, S-Trap, SP3, iST e in-gel no son opciones internas
  • cambiar producto o formato de limpieza reinicia la selección de fuentes
  • sin instrucciones del centro no hay entrega completada

Rutas en módulos separados

  • extracción o precipitación upstream
  • reactor de filtro FASP
  • trampa de suspensión S-Trap
  • flujo de perlas SP3/PAC
  • iST o kit integrado
  • digestión in-gel
  • marcaje, fraccionamiento o enriquecimiento de PTM

Flujo estándar: estandarice el orden y las compuertas, no valores universales

  1. 0. Definición del experimento y función del material
  2. 1. Estado de muestra y procedencia de cuantificación
  3. 2. Revisión de matriz actual y compatibilidad
  4. 3. Estrategia de fuente de digestión en solución
  5. 4. Estado de reducción/alquilación
  6. 5. Digestión proteolítica ordenada y parada
  7. 6. Contrato de transferencia digestión-limpieza
  8. 7. Una IFU exacta de limpieza RP
  9. 8. Transferencia pre-adquisición seca/reconstituida

Entrega terminal

Entrega peptídica previa a la adquisición · Solo para investigación. Registre estado final, almacenamiento, vial/etiqueta, fuentes adoptadas, cambios y la instrucción del centro.

Cómo usar las referencias

La referencia es lectura opcional y registro rector del bloque seleccionado. Los valores exactos solo aplican a ese producto y revisión.

Use el protocolo del fabricante como base y marque cada condición añadida, eliminada o sustituida con su justificación y calificación local.

Completa primero los datos de tu ensayo

Introduce tus secuencias y condiciones reales. No se inventan valores que la fuente no indique.

1

0. Definición del experimento y función del material

Identifique muestra, origen, propósito, función del analito y análisis posterior. Este hijo comienza con solución proteica cuantificada, no células, tejido, pellet, banda de gel o lisado no definido.

Condition: Route incompatible starting states to a planned extraction, precipitation, FASP, S-Trap, SP3, iST, or in-gel child instead of hiding upstream processing.
2

1. Estado de muestra y procedencia de cuantificación

Registre concentración medida, volumen, cantidad calculada, kit/lote, estándar/blanco, corrida, fecha y localizador; distinga valores medidos, introducidos y derivados.

Reagent: USER REQUIRED — exact assay kit and run recordCondition: No unquantified input and no universal conversion between assay chemistries.
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2. Revisión de matriz actual y compatibilidad

Liste composición completa de buffer/aditivos, pH, detergente/caótropo, sales, inhibidores, portadores y cambios de matriz; compare por separado cada bloque de fuente.

Condition: A simple dilution may change concentration and volume while preserving the matrix identity. Precipitation, buffer exchange, detergent removal, or pH correction is a different operation and routes out of B1.
4

3. Estrategia de fuente de digestión en solución

Seleccione proteasa, catálogo, lote, URL, revisión y sección en solución exactos; congele condiciones de fuente y cree copia de trabajo sin mezclar protocolos.

Reagent: USER REQUIRED — selected protease product and official sourceCondition: The curated Promega TM390 profile is available as a source block, but it applies only when that exact product is used.
5

4. Estado de reducción/alquilación

Para cada química declare ejecutar, omitir por completada o salir de ruta; conserve identidad, orden, preparación, endpoint y seguridad de fuente.

Duration: USER REQUIRED — selected source value and locatorTemperature: USER REQUIRED — selected source value and locatorReagent: USER REQUIRED — selected source chemistry and preparationCondition: Skipping an already completed operation prevents duplication and is not counted as a personalized protocol change.
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5. Digestión proteolítica ordenada y parada

Calcule adiciones solo desde valores medidos/usuario y la fuente elegida; conserve orden, incubación, parada/acidificación y desviaciones.

Duration: USER REQUIRED — exact source incubation and stop checkpointsTemperature: USER REQUIRED — exact source temperatureReagent: USER REQUIRED — exact protease amount or ratio and stock provenanceCondition: No built-in enzyme ratio, time, temperature, or digestion-completeness claim.
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6. Contrato de transferencia digestión-limpieza

Describa mezcla peptídica post-parada, volumen, matriz, pH, fracción orgánica y carga; confirme compatibilidad con IFU de limpieza.

Condition: If the cleanup IFU does not accept the recorded mixture, stop and revise the route. Do not silently invent a correction step.
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7. Una IFU exacta de limpieza RP

Adopte una única IFU RP exacta; registre formato, catálogo, lote, revisión, carga, colección, divisiones y desviaciones sin inferir recuperación.

Duration: USER REQUIRED — exact IFU step or endpointReagent: USER REQUIRED — exact cleanup product and IFU solutionsCondition: The curated Pierce 84850 profile applies only to its 20 uL spin-tip format. It does not predict recovery or authorize another C18 format.
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8. Transferencia pre-adquisición seca/reconstituida

Registre estado seco/reconstituido, cantidad/volumen, solución, almacenamiento, vial, etiqueta, hoja de muestra, instalación receptora, desviaciones y pendientes.

Condition: Output is Pre-acquisition Peptide Handoff · Research Use Only. It does not certify instrument-injection suitability, recovery, sensitivity, completeness, or analytical success.