What is GC Content / Tm Calculator?

GC content & primer Tm calculator — Computes GC percentage and melting temperature (Tm) of a DNA sequence. Wallace rule: Tm = 2(A+T) + 4(G+C) (good for 14–20 nt). Nearest-neighbor method: sums per-dinucleotide ΔH/ΔS for higher accuracy (Primer3 standard).

When should I use GC Content / Tm Calculator?

(1) PCR primer design — keep Tm difference between Fwd/Rev pair ≤ 5°C (2) Determine annealing temperature — typically Tm − 5°C (3) Check qPCR probe (TaqMan) GC% 40–60% (4) Verify sequencing primer / cloning oligo Tm

Can you show me an example of GC Content / Tm Calculator?

Example 1) Forward primer 5'-ATGGCCAAGGTGGACCTG-3' (18 nt) → GC = 11/18 = 61% → Tm (Wallace) = 2×7 + 4×11 = 58°C → Tm (NN) ≈ 60°C → Recommend annealing 55°C Example 2) Reverse primer 5'-CAGGTCCACCTTGGCCAT-3' (18 nt) → GC = 61%, identical Tm → well-matched pair

GC Content / Tm Calculator

GC 비율 및 PCR 어닐링 온도 계산

Tm = 2(A+T) + 4(G+C)

PRIMER SEQUENCE

5'3'

도구 가이드

정의

GC content · Primer Tm 계산기 — DNA 서열의 GC 비율(%)과 melting temperature(Tm)를 계산합니다. Wallace rule: Tm = 2(A+T) + 4(G+C) (14~20 nt에 적합). Nearest-neighbor method: 인접 dinucleotide 별 ΔH·ΔS 값을 합산해 더 정확히 산출 (Primer3 표준).

목적

(1) PCR primer 설계 — Forward/Reverse pair의 Tm 차이 ≤ 5°C 권장 (2) Annealing temperature 결정 — 보통 Tm − 5°C (3) qPCR probe(TaqMan) GC% 40~60% 확인 (4) Sequencing primer · cloning oligo Tm 검증

사용법

① Primer/oligo 서열 입력 (대소문자 무관) ② 자동 출력: • Length (nt) • GC content (%) • Tm (Wallace, °C — 짧은 primer용) • Tm (nearest-neighbor, °C — 정확한 값) ③ 권장 범위 표시 (Tm 50~65°C, GC 40~60%) Nearest-neighbor 계산은 표준 조건(50 mM Na⁺, 250 nM oligo). buffer 조건에 따라 ±2°C 변동 가능.

예시

예 1) Forward primer 5'-ATGGCCAAGGTGGACCTG-3' (18 nt) → GC = 11/18 = 61% → Tm (Wallace) = 2×7 + 4×11 = 58°C → Tm (NN) ≈ 60°C → Annealing 55°C 권장 예 2) Reverse primer 5'-CAGGTCCACCTTGGCCAT-3' (18 nt) → GC = 61%, Tm 동일 → 짝 매칭 양호