Vector Map Viewer
플라스미드 지도 시각화 및 편집
샘플 데이터
도구 가이드
정의
Vector Map Viewer — 플라스미드 sequence(FASTA/GenBank)를 입력하면 원형 또는 직선 plasmid map을 그려 ori, selection marker(AmpR/KanR/PuroR), MCS, promoter(CMV/EF1α/U6), tag(His/FLAG/HA), polyA, restriction site 등을 자동 annotation 표시합니다. SnapGene·Benchling 대안.
목적
(1) Cloning strategy 계획 시 vector backbone 구조 확인 (2) Addgene 등에서 받은 plasmid의 element 위치 시각화 (3) Cloning 결과(예: insert 삽입 후) 새로운 map 작성 (4) Lab member 간 plasmid 정보 공유용 figure 생성
사용법
① Sequence 입력 (FASTA / GenBank / SnapGene .dna 또는 raw DNA paste) ② View 모드 선택 (Circular / Linear) ③ 옵션: • 표시할 feature 선택 (CDS, promoter, ori, marker 등) • 색상 테마 • 표시할 restriction enzyme list ④ 출력: • Interactive map (zoom, click → feature 정보) • PNG/SVG export • GenBank file export (현재 coming-soon)
예시
예) pLKO.1-puro (7,052 bp, Addgene #8453) sequence 입력 → Circular map 자동 생성 → Annotation: U6 promoter, shRNA MCS (AgeI/EcoRI), PGK promoter, PuroR, ori, AmpR, LTR → AgeI cut site 표시 → shRNA cloning 위치 시각 확인 → PNG export → lab notebook 첨부