What is shRNA Target Design?

shRNA target design tool — Extracts 19–22 nt RNAi target candidates from a target mRNA, then evaluates Reynolds rules, thermodynamic asymmetry (AU-rich 5' seed), GC%, and secondary structure to predict knockdown efficiency. Outputs in shRNA stem-loop format (e.g., TRC pLKO.1).

When should I use shRNA Target Design?

(1) Build stable knockdown cell lines for loss-of-function studies (pLKO.1 lentivirus) (2) Compare 3–5 candidates per gene and pick the highest-efficiency hit (3) Design matching scramble controls (4) Cassettes compatible with inducible (Tet-on/off) knockdown systems

shRNA Target Design

Knock-down 효율 예측 및 서열 디자인

shRNA / siRNA 디자인 랩

Reynolds, Ui-Tei 규칙 및 열역학적 비대칭성 분석 기반 최적의 knockdown 후보 자동 설계

타겟 mRNA 서열 입력 (DNA 또는 RNA)

설정 및 설계 옵션

프로모터 선택

U6는 전사 시작 G 필수. H1은 유연.

Loop 서열

클로닝 벡터

시작할 준비가 되었습니다

좌측 입력란에 mRNA 서열을 입력하고 분석을 실행하세요.

도구 가이드

정의

shRNA Target 설계 도구 — 타겟 mRNA 서열에서 19~22 nt RNAi target site 후보를 추출하고, Reynolds rules·thermodynamic asymmetry(seed 5' AU-rich)·GC%·secondary structure를 평가해 knockdown 효율을 예측합니다. shRNA stem-loop 형태(예: TRC pLKO.1)로 출력.

목적

(1) Loss-of-function 실험을 위한 안정 knockdown cell line 구축 (pLKO.1 lentivirus) (2) 동일 gene에 대해 3~5개 후보 비교 후 최고 효율 선택 (3) shRNA scramble control 짝 설계 (4) Inducible knockdown system (Tet-on/off) 호환 cassette

사용법

① 타겟 mRNA 서열 입력 (RefSeq NM_xxxxx 또는 직접 paste) ② 후보 길이 선택 (19, 21, 22 nt) ③ Loop sequence 선택 (TRC: CTCGAG, miR-30: 자체 backbone) ④ 출력: • 후보 sense/antisense • shRNA hairpin 전체 서열 (sense-loop-antisense-poly-T) • 예측 효율 score • 합성 oligo (annealed) 발주용 5'/3' overhang 포함 (현재 coming-soon)

예시

예) 인간 GAPDH knockdown용 shRNA → 입력: GAPDH mRNA (NM_002046) → 후보 1: 5'-GAAGGTGAAGGTCGGAGTC-3' (19 nt, predicted score 8/10) → Hairpin (TRC): 5'-CCGG[sense]CTCGAG[antisense]TTTTT-3' → pLKO.1 (AgeI/EcoRI digested) ligation → HEK293 transduction + puromycin selection → ~80% GAPDH 감소 확인