sanger-sim은 Sanger 1977 ddNTP chain termination + Smith 1986 BigDye 4-색 (ABI 형광) + 모세관 전기영동 (길이별 fragment 분리) + Gaussian peak chromatogram (σ≈0.4 base width) + Phred Q score (Ewing & Green 1998 Genome Res, Q = −10·log₁₀ Pe, Q20=1% / Q30=0.1% / Q40=0.01%) + heterozygous mixed peak IUPAC ambiguity (R/Y/M 등) + poly-A slippage 시나리오 (Gemini 우위 #9, polymerase slippage 파형 붕괴 + Phred 적색 낙하)를 자체 SVG로 시각화하는 무료 Sanger 학습 시뮬레이터입니다 (외부 npm 0).

(1) 학부 분자생물학 실험서 정적 도식 → 동적 chromatogram + Phred Q 학습 (2) NGS 학습 전 Sanger Phred Q baseline 정착 (Q20/Q30/Q40 의미) (3) heterozygous IUPAC ambiguity (R/Y/M) 변이 분석 baseline (4) poly-A repeat 시퀀싱 한계 (polymerase slippage) 직관 — 임상 변이 분석 시 주의점 (5) 끝단 700 nt 이후 Q20 이하 trim 권장 baseline (Claude 우위 #6) (6) 외부 lib 0

① Template DNA 서열 입력 (50-1000 nt) + 노이즈 슬라이더 (0-50%) ② ddNTP 종결 시뮬레이션 → fragment 길이별 분리 ③ 모세관 전기영동 SVG → 4-색 형광 chromatogram 자동 렌더 ④ 각 위치 Gaussian peak σ≈0.4 base width → base call (정점 4-색 중 최대) ⑤ Phred Q score 자동 계산 — Q40 (1/10000 오차) ↔ Q20 (1/100) ⑥ Heterozygous toggle → 위치 30에 mixed peak (50:50 A+G → IUPAC R) 노출 ⑦ Poly-A slippage 시나리오 toggle → AAAAAAAAAA 위치 후 파형 분해능 붕괴 + Phred 적색 낙하 ⑧ 700 nt 이후 trim 박스 자동 노출 (Q20 이하) ⑨ 학술 용어 hover (ddNTP / chain termination / capillary electrophoresis / Phred / base call / heterozygous / BigDye / IUPAC ambiguity / slippage 등 16개)

예 1) 깨끗한 single peak (노이즈 0%) → base call 100% 정확 + Q40 예 2) Heterozygous 50:50 위치 30 → IUPAC R (A+G) + Q20-30 예 3) 노이즈 30% chromatogram → Phred Q15-20 (정성 매칭, Ewing 1998) 예 4) 끝단 700 nt 이후 Q20 이하 → trim 권장 박스 노출 예 5) Poly-A AAAAAAAAAA → polymerase slippage 파형 분해능 붕괴 + Phred 적색 낙하 (5번째 학습 시나리오)