enzyme-kinetics-sim — 가상 효소 반응 동역학Lab
Michaelis-Menten v = Vmax·[S]/(Km+[S]) + RK4 ODE + 저해제 4 타입 (Competitive/Non-comp/Uncomp/Mixed) + Lineweaver-Burk/Eadie-Hofstee plot (외부 lib 0, ko/en/ja).
시간 진화 (RK4 ODE)
Key terms (hover) — 18
도구 가이드
정의
enzyme-kinetics-sim은 Michaelis-Menten 1913 v = Vmax·[S]/(Km+[S]) hyperbolic 곡선 + RK4 4차 룽게-쿠타 ODE 시간 진화 ([E], [S], [ES], [P]) + 저해제 4 타입 토글 (Competitive Km·(1+[I]/Ki) / Non-comp Vmax/(1+[I]/Ki) / Uncomp Km과 Vmax 모두 (1+[I]/Ki')로 나눔 / Mixed 두 효과 모두) + 3 plot 자체 SVG (v vs [S] hyperbolic + Lineweaver-Burk 1/v vs 1/[S] + Eadie-Hofstee v vs v/[S])로 효소 동역학을 시각화하는 무료 도구입니다 (Berg/Tymoczko/Stryer Ch.8 / Voet Ch.13 / Michaelis & Menten 1913 / Cornish-Bowden baseline, 외부 npm 0).
목적
(1) 학부 생화학 효소 동역학 정적 도식 → RK4 ODE 시간 진화 + 3 plot 인터랙티브 (2) 저해제 4 타입 정량 비교 (Competitive Km↑ / Non-comp Vmax↓ / Uncomp 둘 다 / Mixed) (3) Lineweaver-Burk + Eadie-Hofstee 변환 도식 직관 (X-int = −1/Km, Y-int = 1/Vmax) (4) Berg/Tymoczko/Stryer Ch.8 baseline + 약학/의학 약물 작용 baseline (5) RK4 검증 fixture (Lotka-Volterra ±0.01) — 수치해석 학습 부수 (6) 외부 lib 0
사용법
① Sandbox 슬라이더 [E] (효소 농도) + [S] (기질 농도) + Km + Vmax + [I] (저해제 농도) + Ki (저해 상수) ② 저해제 타입 토글 (4 종) — None / Competitive / Non-competitive / Uncompetitive / Mixed ③ 3 plot 자체 SVG 실시간 변화: • v vs [S] hyperbolic 곡선 • Lineweaver-Burk 1/v vs 1/[S] (X-int = −1/Km, Y-int = 1/Vmax) • Eadie-Hofstee v vs v/[S] (직선 기울기 = −Km, Y-int = Vmax) ④ RK4 ODE 시간 진화 자동 재생 ▶ / ⏸ — [E] / [S] / [ES] / [P] 4 변수 curve ⑤ 저해제 4 타입 분기 정확: • Competitive: Km*(1+[I]/Ki) (apparent Km), Vmax 불변 → Lineweaver-Burk Y-int 동일 • Non-comp: Km 불변, Vmax/(1+[I]/Ki) → Lineweaver-Burk X-int 동일 • Uncomp: Km/(1+[I]/Ki'), Vmax/(1+[I]/Ki') → Lineweaver-Burk 평행 이동 • Mixed: 두 효과 모두 ⑥ 학술 용어 hover (Km / Vmax / kcat / catalytic efficiency / Lineweaver-Burk / Eadie-Hofstee / RK4 / steady state 등 18개)
예시
예 1) [S] = Km → v = Vmax/2 (정의 그대로, ±0.5%) 예 2) [S] = 10·Km → v → Vmax (≥0.9·Vmax, 포화) 예 3) RK4 Lotka-Volterra fixture 검증 — prey-predator 진동 주기 ±0.01 예 4) Competitive inhibitor [I]/Ki=1 → Km 2배 증가, Vmax 불변 예 5) Non-comp inhibitor [I]/Ki=1 → Vmax 1/2, Km 불변