What is CRISPR gRNA Design?

CRISPR gRNA design tool — From a target gene sequence (or NCBI gene symbol), extract 20-nt gRNA candidates based on SpCas9 PAM (NGG), then score on-target efficacy (Doench 2016, etc.) and off-target risk (MIT/CFD score) to rank recommended candidates.

When should I use CRISPR gRNA Design?

(1) Select first-pass gRNA candidates for knockout cell line construction (2) Exon-specific targeting (prefer early exons) (3) Filter candidates with minimal off-target hits (4) Design multi-gRNA libraries for saturating mutagenesis

CRISPR gRNA Design

타겟 유전자 맞춤형 gRNA 서열 추천

고성능 클라이언트 사이드 CRISPR 가이드 RNA 설계 및 분석 플랫폼

타겟 DNA/mRNA 서열 (FASTA 지원)

Cas 이펙터

클로닝 벡터

GC 필터 범위40% – 70%

전체 PAM 사이트32

최적 후보 (경고 없음)13

고활성 (Score ≥ 0.5)0

Top 15 gRNA Candidates

순위	위치	가이드 서열	PAM	GC%	On-target	오프타겟	경고
1	75 +	GCCTCAGGCTGAGCTGGGGG	CGG	75%	0.2773	-
2	149 +	GGGTCATTGGGAGGGGGGGG	CGG	75%	0.2024	-
3	28 +	GGGGACCTGGAGTCGTGGGG	TGG	75%	0.1092	-
4	56 -	TCCGCCCCCAGCTCAGCCTG	AGG	75%	0.1035	-
5	87 -	ACCCCTTGTCCCCTCCCCCC	CGG	75%	0.102	-
6	119 +	GGACAAGGGGTGACAGGCTG	CGG	65%	0.0978	-	-
7	140 +	GGGGCTACGGGGTCATTGGG	AGG	70%	0.0925	-	-
8	146 +	ACGGGGTCATTGGGAGGGGG	GGG	70%	0.0803	-	-
9	113 +	GGGAGGGGACAAGGGGTGAC	AGG	70%	0.057	-	-
10	78 +	TCAGGCTGAGCTGGGGGCGG	AGG	75%	0.0544	-
11	82 +	GCTGAGCTGGGGGCGGAGGG	TGG	80%	0.0534	-
12	185 +	GGGAGACAGCTGCGGGGCTA	CGG	70%	0.0476	-	-
13	143 +	GCTACGGGGTCATTGGGAGG	GGG	65%	0.0451	-	-
14	60 +	TCAGCTCTGGGGCTCGCCTC	AGG	70%	0.0444	-	-
15	158 +	GGAGGGGGGGGCGGATGGGG	AGG	85%	0.0379	-

선택된 gRNA 분자 수준 세부 분석

테이블에서 gRNA 후보를 선택하면 분자 구조, 스코어 기여도, 오프타겟 정보 및 클로닝 올리고를 분석합니다.

도구 가이드

정의

CRISPR gRNA 설계 도구 — 타겟 DNA 서열을 입력하면 SpCas9/SaCas9/AsCas12a 3종 PAM 스캔 + Doench 2014 Rule Set 1 on-target scoring + 입력 서열 내 self-off-target 검색 + 4종 biochemical 필터 + 클로닝 올리고 자동 설계. 100% client-side.

목적

(1) Knockout cell line 구축용 gRNA 1차 후보 선정 (2) Exon-specific targeting (early exon 우선) (3) Off-target hit 최소화된 후보 선별 (4) Saturating mutagenesis용 multi-gRNA library 설계

사용법

① 타겟 DNA 서열 입력 (FASTA 지원, 또는 TP53/BRCA1 샘플 버튼) ② Cas variant 선택 (SpCas9 NGG / SaCas9 NNGRRT / AsCas12a TTTV) ③ 클로닝 벡터 선택 (pSpCas9-BbsI / pX601-BsmBI / None) ④ GC% 필터 범위 조절 (기본 40-70%) ⑤ Top 15 후보 자동 출력 → 클릭하여 상세 분석: • DNA-gRNA R-Loop 결합 시각화 • Doench 2014 position별 점수 기여도 • 입력 서열 내 self-off-target 맵 • 클로닝 올리고 (Top/Bottom) + 복사 버튼

예시

예) 인간 TP53 exon 4 KO용 gRNA 설계 → 입력: gene = TP53, genome = GRCh38 → 출력 예: 5'-GAGCGCTGCTCAGATAGCGA-3' (PAM: TGG, exon 4) • On-target: 0.78 (high) • Off-target: 0 perfect match, 2 sites with 3-mismatch → 합성 → lentiCRISPRv2 cloning → HEK293 transduction