Pan.bio
bioWorkflows**: 검증된 nf-core 파이프라인(Sarek 변이 호출, RNA-seq, scRNA-seq, Amplicon-seq, Metagenomics 등)을 코드 없이 실행하는 자동화 워크플로우 엔진. FASTQ 업로드부터 VCF·BAM·임상 보고서까지 버전 관리·재현성 보장. 사용자 Nextflow 워크플로우 GitHub 직접 임포트 지원. 적응형 컴퓨트(정렬·변이 호출 시 고CPU, 경량 작업 시 최소 자원 자동 할당). WGS 8-20시간, RNA-seq ~2시간 처리. 임상 워크플로우 2-caller con
- bioWorkflows: 검증된 nf-core 파이프라인(Sarek 변이 호출, RNA-seq, scRNA-seq, Amplicon-seq, Metagenomics 등)을 코드 없이 실행하는 자동화 워크플로우 엔진. FASTQ 업로드부터 VCF·BAM·임상 보고서까지 버전 관리·재현성 보장. 사용자 Nextflow 워크플로우 GitHub 직접 임포트 지원. 적응형 컴퓨트(정렬·변이 호출 시 고CPU, 경량 작업 시 최소 자원 자동 할당). WGS 8-20시간, RNA-seq ~2시간 처리. 임상 워크플로우 2-caller consensus 기반 SNV precision ≥94%, SNV recall ~99%, INDEL recall 100% - bioNotebooks: Jupyter 스타일 인터랙티브 분석 환경. Python 3.11(pandas, NumPy, Plotly, matplotlib) + R(ggplot2) + CLI 도구(samtools, bedtools) 사전 설치. bionl 커널 기반. GEO/SRA/IPG 공공 데이터셋 accession number로 직접 접근 - bioVAIC: AI 기반 변이 해석·분류. ACMG/AMP, CanVIG-UK, ACGS, ClinGen, 유전자별 가이드라인(BRCA1, BRCA2, TP53, ATM, APC, MMR) 준수 점수 기반 분류. ClinVar·gnomAD·OMIM·PubMed·BayesDel·REVEL·SpliceAI 자동 증거 수집. VCF·HGVS·단일 변이 입력 지원. VAIC Agent(분류 가이드) + Research Agent(문헌·DB 검색) 이중 AI 지원. 임상 보고서 자동 생성, 최종 분류는 임상의 결정 유지 - bioCohorts: 과소대표 인구집단(MENA·동아시아) 특화 Trusted Research Environment(TRE) 마켓플레이스. 게노믹 12,400건, 임상기록 8,200건, 영상 3,100건, 프로테오믹 1,800건 보유. WGS/WES, RNA-seq, 임상 EHR, 영상(CT·MRI·X-ray), 환자 메타데이터(인구통계·종단 추적) 지원. 원시 데이터 이전 없이 격리된 보안 워크스페이스 내 분석. 환자·연도·데이터 유형별 라이선스 계약 모델 - BioMind AI 코파일럿: 전 제품에 통합된 AI 레이어. BioAgents 레이어(도메인 전문 에이전트 + 공유 스킬·도구 라이브러리)로 자연어→Python/R 코드 자동 생성·실행. MCP(Model Context Protocol) 서버 기반 외부 도구 연결. 코호트 Discovery Agent — 자연어 쿼리→구조화 필터 변환, 투명한 갭 공시 - Bion 멀티에이전트 시스템: Orchestrator Agent가 Code Generator·Filesystem·Backend 세 전문 에이전트를 조율. Import → Clean → Analyze → Visualize → Iterate 전 과정을 노트북 내에서 처리 - 데이터 주권 아키텍처: GCC 리전(사우디 담맘 GCP), US-East/US-West GCP 배포. 국경 간 데이터 이전 원천 차단(정책이 아닌 아키텍처 수준 강제). 리전 내 AI 처리(모든 BioMind LLM 호출 리전별 인프라 라우팅) - 보안·컴플라이언스: HIPAA, GDPR, SOC 2 Type II, ISO 27001 — 인프라 수준 강제. 행 수준 테넌트 격리(cross-tenant 쿼리 아키텍처상 불가). 불변 감사 로그(AI 도구 호출·LLM 호출·데이터 접근 전 기록, ISO 15189·CAP·HIPAA 인증 적합). RBAC + 임상 쓰기 작업 인간 승인 필수. 환자 식별자 서버 사이드 전용(브라우저 미노출), 코호트 연산 비식별 메타데이터만 사용
💻 필요한 컴퓨터 사양
해당 없음 (서버 측 연산, GPU 인프라 Pan.bio 제공)
해당 없음 (클라우드 스토리지, 플랜별 할당)
⚡ 설치법
### 4-1. Quick Start
```
# 웹 SaaS — 설치 불필요
# 1. https://lab.pan.bio/register 에서 계정 생성 (무료 체험, 신용카드 불필요)
# 2. 로그인 후 bioWorkflows / bioNotebooks / bioVAIC / bioCohorts 선택
# 3. FASTQ 파일 업로드 또는 GEO/SRA accession number로 공공 데이터 접근
```
### 4-2. 상세 설치
```
# Pan.bio는 완전 관리형 클라우드 SaaS 플랫폼
# 로컬 설치, Docker, pip install 등 불필요
# 접근 경로:
# - 플랫폼: https://lab.pan.bio/
# - 회원가입: https://lab.pan.bio/register
# - 로그인: https://lab.pan.bio/login
# - 데모 예약: https://calendar.app.google/cGEaRG5uJ21zUWUT7
# Enterprise / In-Country Deployment:
# - 별도 문의 필요 (국가 내 전용 인프라 배포)
# - GCC(사우디 담맘), US-East/West 리전 선택
# - HIPAA, GDPR, SOC 2 Type 2, ISO 27001 준수
```🧬 바이오 활용
WGS/WES 변이 분석 파이프라인**
FASTQ 원시 데이터를 bioWorkflows의 Sarek 파이프라인으로 업로드하면 정렬(alignment), 변이 호출(variant calling), 어노테이션까지 자동 수행(WGS 8-20시간, RNA-seq ~2시간). 2-caller consensus 기반 SNV precision ≥94%, recall ~99%. 결과를 bioVAIC로 넘겨 ACMG/AMP 가이드라인 기반 변이 분류 — ClinVar·gnomAD·OMIM·PubMed·BayesDel·REVEL·SpliceAI 자동 증거 수집 후 임상 보고서 생성. 기존에 bioinformatician + CLI 환경에서 수일 걸리던 작업을 코드 없이 완료
MENA·동아시아 인구집단 정밀의료 연구**
bioCohorts TRE 마켓플레이스에서 게노믹 12,400건+, 임상기록 8,200건+ 등 글로벌 공공 DB(gnomAD, ClinVar)에 누락된 아랍·동아시아 인구집단 레퍼런스 데이터를 확보하고, bioNotebooks에서 BioMind AI로 "이 코호트의 BRCA1 변이 빈도를 gnomAD와 비교해줘" 같은 자연어 쿼리로 분석. 원시 데이터 이전 없이 격리 워크스페이스 내 분석으로 데이터 주권 보장. 유럽계 편향 참조 데이터로 인한 오진(false positive/negative) 위험을 줄이는 정밀의료 연구에 활용
제약·바이오텍 바이오마커 발굴**
제약사가 bioCohorts 마켓플레이스에서 희귀 질환 환자 코호트를 Discovery Agent 자연어 검색으로 발견하고, 집합 메타데이터 검토 후 라이선스 계약으로 분석 워크스페이스 접근(기존 데이터 접근 협약 수개월 대비 수주 내 완료). bioNotebooks에서 RNA-seq 차등 발현 분석 수행 시 BioMind AI가 자연어 질의로 통계 코드를 자동 생성하여 비전문가도 탐색적 분석 가능. 데이터 소유권은 원 제공 기관에 유지되므로 규제 준수 협업 가능
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🧪 관련 생명의 코드
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