shRNA Target Design

Q: shRNA Target 設計ツール — 標的 mRNA 配列から 19~22 nt RNAi target site 候補を抽出し、Reynolds rules・thermodynamic asymmetry (seed 5' AU-rich)・GC%・secondary structure を評価して knockdown 効率を予測します。shRNA stem-loop 形 (例: TRC pLKO.1) で出力。

ノックダウン効率予測とshRNA設計

shRNA / siRNA デザインラボ

Reynolds、Ui-Tei基準、熱力学的非対称性を統合したノックダウン設計ツール

ターゲットmRNA配列 (DNAまたはRNA)

設計オプション

プロモーター

U6は転写開始にG必須。H1は柔軟。

ループ配列

クローニングベクター

設計準備完了

左側にmRNA配列を入力し、解析を実行してください。

ツールガイド

定義

shRNA Target 設計ツール — 標的 mRNA 配列から 19~22 nt RNAi target site 候補を抽出し、Reynolds rules・thermodynamic asymmetry (seed 5' AU-rich)・GC%・secondary structure を評価して knockdown 効率を予測します。shRNA stem-loop 形 (例: TRC pLKO.1) で出力。

目的

(1) Loss-of-function 実験のための安定 knockdown cell line 構築 (pLKO.1 lentivirus) (2) 同 gene に対し 3~5 候補比較後、最高効率を選択 (3) shRNA scramble control の対設計 (4) Inducible knockdown system (Tet-on/off) 対応 cassette

使い方

① 標的 mRNA 配列入力 (RefSeq NM_xxxxx または直接 paste) ② 候補長さ選択 (19, 21, 22 nt) ③ Loop sequence 選択 (TRC: CTCGAG, miR-30: 専用 backbone) ④ 出力: • 候補 sense/antisense • shRNA hairpin 全配列 (sense-loop-antisense-poly-T) • 予測効率 score • 合成 oligo (annealed) 発注用 5'/3' overhang 含む (現在 coming-soon)

例

例) ヒト GAPDH knockdown 用 shRNA → 入力: GAPDH mRNA (NM_002046) → 候補 1: 5'-GAAGGTGAAGGTCGGAGTC-3' (19 nt, predicted score 8/10) → Hairpin (TRC): 5'-CCGG[sense]CTCGAG[antisense]TTTTT-3' → pLKO.1 (AgeI/EcoRI digested) に ligation → HEK293 transduction + puromycin selection → ~80% GAPDH 減少確認