mygene-search — Integrated Gene Lookup

NCBI/UniProt/Ensembl/HGNC/RefSeq/GO/Pathway を1画面に統合表示

ツールガイド

定義

mygene-search は MyGene.info v3 REST API (Andrew Su lab、BioGPS 運営) を基盤に、NCBI Gene / UniProt / Ensembl / RefSeq / HGNC / GO / Pathway 情報を1画面の統合カードに表示する無料の遺伝子検索ツールです。遺伝子シンボル (TP53)、Entrez ID (7157)、Ensembl ID (ENSG00000141510)、UniProt accession (P04637) の4つの入力方式すべてを自動検出し、同一の統合カードに到達します。Vercel Edge ISR 5分キャッシュ + 自前トークンバケットレート制限 + ko/en/ja UI により、NCBI/UniProt/Ensembl を別々に検索する従来の 30秒〜1分のワークフローを 5秒に圧縮します。BioPlayground 外部ライブラリ 0% (LAW #4 準拠) — 自前 fetch + 自前キャッシュレイヤー + HTML5 ネイティブ <details>。

目的

(1) NCBI Gene / UniProt / Ensembl を別々に検索する 30秒〜1分のワークフローを 5秒の統合検索に圧縮 (2) 韓国語 UI 不在で参入障壁が高かった大学院生 / 臨床研究員 / 創薬チームに ko/en/ja 多言語カードを提供 (3) Cross-References (UniProtKB / RefSeq RNA / Ensembl Gene) を 3 列グリッドで above-the-fold に配置 → クローニング / プライマー設計ワークフローへの即時導線 (4) 4 つの入力形式 (symbol / Entrez / Ensembl / UniProt) を自動検出 → ID 変換ツール不要

使い方

① 検索窓に遺伝子を入力 — 4 つの形式すべてを自動検出: • Symbol: TP53、BRCA1、EGFR、KRAS、INS • Entrez ID: 7157 (TP53)、672 (BRCA1) • Ensembl ID: ENSG00000141510 (TP53) • UniProt: P04637 (TP53) ② 生物種チップを選択 — Human (9606、default) / Mouse (10090) / Rat (10116) / Zebrafish (7955) ③ 検索ボタンをクリック — 自前 Route Handler 経由 (10 req/sec トークンバケット + email + 5分 ISR) ④ 結果: • 単一マッチ → 統合カード (Header + Aliases + Summary + Cross-ref 3 列 + GO + 外部リンク) • 複数マッチ → 候補リスト → クリックでカード進入 ⑤ 「他種で Ortholog を検索」ボタン → 別の生物種で同一 symbol を再検索 ⑥ 最近の検索 5 件は localStorage に自動保存 (チップクリックで再実行)

例 1) TP53 (ヒト) — symbol 入力 → Entrez 7157 / UniProt P04637 / Ensembl ENSG00000141510 / HGNC 11998 / OMIM 191170 → Aliases: BCC7、LFS1、P53、TRP53 例 2) 7157 (Entrez ID 直接入力) → 同一の TP53 カードに到達 (入力タイプ自動検出: entrez) 例 3) ENSG00000141510 (Ensembl ID 直接入力) → 同一の TP53 カード (タイプ: ensembl) 例 4) P04637 (UniProt accession 直接入力) → 同一の TP53 カード (タイプ: uniprot) 例 5) BRCA1 → Entrez 672 / UniProt P38398 / Ensembl ENSG00000012048 / HGNC 1100 / OMIM 113705 例 6) 複数マッチ例: "p53" → 候補リスト (TP53 / TP63 / TP73 / Trp53 など) → クリックで単一カードに進入