enzyme-kinetics-sim — 가상 효소 반응 동역학Lab

Michaelis-Menten v = Vmax·[S]/(Km+[S]) + RK4 ODE + 阻害剤 4 タイプ (競合/非競合/不競合/混合) + Lineweaver-Burk / Eadie-Hofstee プロット (外部 lib 0、ko/en/ja)。

v = Vmax·[S] / (Km + [S]) + 저해제 4 타입 (Competitive / Non-comp / Uncomp / Mixed)

酵素動力学 (ミカエリス・メンテン)

阻害剤なし。v = Vmax·[S]/(Km+[S])。

Km_app

5.000

Vmax_app

10.000

[S]vv vs [S] (Hyperbolic)
1/[S]1/vLineweaver-Burk (1/v vs 1/[S])
推定Km (LBフィット): 5.000
推定Vmax (LBフィット): 10.000
: 1.0000
v/[S]vEadie-Hofstee (v vs v/[S])

時間進化 (RK4 ODE)

SPESEt濃度

主要用語(ホバー) — 18

kmvmaxkcatcatalyticEffsubstrateinhibitorlineweaverBurkeadieHofsteerk4steadyStatecompetitivenonCompuncompmixedkikiPrimehillmichaelisMenten

ツールガイド

定義

enzyme-kinetics-sim は Michaelis-Menten 1913 v = Vmax·[S]/(Km+[S]) hyperbolic 曲線 + RK4 4 次ルンゲ・クッタ ODE 時間進化 ([E], [S], [ES], [P]) + 阻害剤 4 タイプトグル (競合 Km·(1+[I]/Ki) / 非競合 Vmax/(1+[I]/Ki) / 不競合 Km と Vmax を (1+[I]/Ki') で除 / 混合) + 3 プロット自前 SVG (v vs [S] hyperbolic + Lineweaver-Burk 1/v vs 1/[S] + Eadie-Hofstee v vs v/[S]) を可視化する無料ツール (Berg/Tymoczko/Stryer Ch.8 / Voet Ch.13 / Michaelis & Menten 1913 / Cornish-Bowden ベースライン、外部 npm 0)。

目的

(1) 学部生化学酵素反応静的図解 → RK4 ODE 時間進化 + 3 プロットインタラクティブ (2) 阻害剤 4 タイプ定量比較 (競合 Km↑ / 非競合 Vmax↓ / 不競合 両方 / 混合) (3) Lineweaver-Burk + Eadie-Hofstee 変換図解直感 (X-int = −1/Km、Y-int = 1/Vmax) (4) Berg/Tymoczko/Stryer Ch.8 ベースライン + 薬学/医学薬物作用ベースライン (5) RK4 検証 fixture (Lotka-Volterra ±0.01) — 数値解析学習 (6) 外部 lib 0

使い方

① Sandbox スライダー [E] (酵素) + [S] (基質) + Km + Vmax + [I] (阻害剤) + Ki ② 阻害剤タイプトグル (4) — なし / 競合 / 非競合 / 不競合 / 混合 ③ 3 プロット自前 SVG リアルタイム: • v vs [S] hyperbolic • Lineweaver-Burk 1/v vs 1/[S] (X-int = −1/Km、Y-int = 1/Vmax) • Eadie-Hofstee v vs v/[S] (傾き = −Km、Y-int = Vmax) ④ RK4 ODE 時間進化 ▶ / ⏸ — [E] / [S] / [ES] / [P] 4 変数曲線 ⑤ 阻害剤分岐: • 競合: Km·(1+[I]/Ki) (見かけ Km)、Vmax 不変 • 非競合: Km 不変、Vmax/(1+[I]/Ki) • 不競合: Km/(1+[I]/Ki')、Vmax/(1+[I]/Ki') • 混合: 両方 ⑥ 学術用語 hover (Km / Vmax / kcat / catalytic efficiency / Lineweaver-Burk / Eadie-Hofstee / RK4 / 定常状態 等 18 用語)

例 1) [S] = Km → v = Vmax/2 (定義通り、±0.5%) 例 2) [S] = 10·Km → v → Vmax (≥0.9·Vmax、飽和) 例 3) RK4 Lotka-Volterra fixture — prey-predator 振動周期 ±0.01 例 4) 競合阻害剤 [I]/Ki=1 → Km 2 倍、Vmax 不変 例 5) 非競合阻害剤 [I]/Ki=1 → Vmax 1/2、Km 不変