CRISPR gRNA Design

Q: CRISPR gRNA 設計ツール — 標的DNA配列を入力すると、3種PAMスキャン (SpCas9/SaCas9/AsCas12a) + Doench 2014 Rule Set 1 on-target scoring + self-off-target検索 + 4種生化学フィルター + クローニングオリゴ自動設計。100% client-side。

ターゲット遺伝子向けgRNA設計

高性能クライアントサイドCRISPRガイドRNA設計・分析プラットフォーム

ターゲットDNA/mRNA配列 (FASTA対応)

Casエフェクター

クローニングベクター

GCフィルター範囲40% – 70%

総PAMサイト32

最適候補 (警告なし)13

高活性 (Score ≥ 0.5)0

Top 15 gRNA Candidates

順位	位置	ガイド配列	PAM	GC%	On-target	オフターゲット	警告
1	75 +	GCCTCAGGCTGAGCTGGGGG	CGG	75%	0.2773	-
2	149 +	GGGTCATTGGGAGGGGGGGG	CGG	75%	0.2024	-
3	28 +	GGGGACCTGGAGTCGTGGGG	TGG	75%	0.1092	-
4	56 -	TCCGCCCCCAGCTCAGCCTG	AGG	75%	0.1035	-
5	87 -	ACCCCTTGTCCCCTCCCCCC	CGG	75%	0.102	-
6	119 +	GGACAAGGGGTGACAGGCTG	CGG	65%	0.0978	-	-
7	140 +	GGGGCTACGGGGTCATTGGG	AGG	70%	0.0925	-	-
8	146 +	ACGGGGTCATTGGGAGGGGG	GGG	70%	0.0803	-	-
9	113 +	GGGAGGGGACAAGGGGTGAC	AGG	70%	0.057	-	-
10	78 +	TCAGGCTGAGCTGGGGGCGG	AGG	75%	0.0544	-
11	82 +	GCTGAGCTGGGGGCGGAGGG	TGG	80%	0.0534	-
12	185 +	GGGAGACAGCTGCGGGGCTA	CGG	70%	0.0476	-	-
13	143 +	GCTACGGGGTCATTGGGAGG	GGG	65%	0.0451	-	-
14	60 +	TCAGCTCTGGGGCTCGCCTC	AGG	70%	0.0444	-	-
15	158 +	GGAGGGGGGGGCGGATGGGG	AGG	85%	0.0379	-

選択gRNAの分子レベル詳細分析

テーブルからgRNA候補を選択すると、分子構造、スコア寄与度、オフターゲット情報、クローニング用オリゴを分析します。

ツールガイド

定義

CRISPR gRNA 設計ツール — 標的DNA配列を入力すると、3種PAMスキャン (SpCas9/SaCas9/AsCas12a) + Doench 2014 Rule Set 1 on-target scoring + self-off-target検索 + 4種生化学フィルター + クローニングオリゴ自動設計。100% client-side。

目的

(1) Knockout cell line 構築用 gRNA 1次候補選定 (2) Exon-specific targeting (early exon 優先) (3) Off-target hit 最小化された候補選別 (4) Saturating mutagenesis 用 multi-gRNA library 設計

使い方

① ターゲットDNA配列を入力 (FASTA対応、またはTP53/BRCA1サンプルボタン) ② Cas variant選択 (SpCas9 NGG / SaCas9 NNGRRT / AsCas12a TTTV) ③ クローニングベクター選択 (pSpCas9-BbsI / pX601-BsmBI / None) ④ GC%フィルター範囲調整 (デフォルト 40-70%) ⑤ Top 15候補を自動出力 → クリックで詳細分析: • DNA-gRNA R-Loop結合可視化 • Doench 2014ポジション別スコア寄与度 • 入力配列内self-off-targetマップ • クローニングオリゴ (Top/Bottom) + コピーボタン

例

例) ヒト TP53 exon 4 KO 用 gRNA 設計 → 入力: gene = TP53, genome = GRCh38 → 出力例: 5'-GAGCGCTGCTCAGATAGCGA-3' (PAM: TGG, exon 4) • On-target: 0.78 (high) • Off-target: 0 perfect match, 2 sites with 3-mismatch → 合成 → lentiCRISPRv2 cloning → HEK293 transduction