BioPlayground

PC

ProtocolCore

Protocolos basados en evidencia

MVP exploratorio
Todas las familias

Cloning & Enzymes

Montaje de ADN y verificación de constructos con fuente y secuencia fijadas

Mantén separados el montaje por ligación-restricción, Type IIS y homología, y rastrea por separado las piezas, uniones, constructos esperados y evidencias observadas.

Protocolo inicial editable

4 protocolos iniciales ligados a la fuente

¿Qué hace este protocolo?

El registro de verificación compara únicamente los ejes respaldados por la evidencia. La concordancia del digest o de la PCR de colonia nunca se convierte en identidad de secuencia ni en un PASS del constructo completo.

Alcance compatible

  • • Common construct, junction, handoff & evidence contract
  • • Restriction-ligation · explicit ratio and enzyme geometry
  • • Type IIS · BsaI-HFv2 ordered overhangs
  • • Homology · NEBuilder HiFi exact junctions

Límites de aplicación

Las condiciones permanecen ligadas a la fuente y a la revisión verificadas. No se mezclan valores entre kits, instrumentos, rutas o perfiles distintos ni se declara un éxito experimental universal.

PRT-CL-COMMON-001Common construct, junction, handoff & evidence contract

Contrato de identidad, piezas, uniones, transferencia y evidencia de clonación

Cloning & Enzymes · CL-FAMILY-CONTRACT-1.0

Guía oficial revisada
EXACT_SOURCE_PROFILE_AND_REVISION_REQUIREDNO_DEFAULT_RATIO_OR_RECIPEORDERED_PART_AND_JUNCTION_GRAPHASSUMPTIONS_AND_UNKNOWNS_PRESERVEDTRANSFORMATION_IS_TYPED_HANDOFFVERIFICATION_IS_SEPARATE_CONSUMERNO_GLOBAL_BIOLOGICAL_PASSRESEARCH_USE_ONLY

Separa el recibo de montaje de la evidencia de verificación

El registro de verificación compara únicamente los ejes respaldados por la evidencia. La concordancia del digest o de la PCR de colonia nunca se convierte en identidad de secuencia ni en un PASS del constructo completo.

1

1. BLOQUEAR IDENTIDAD DEL CONSTRUCTO

Registre ID, topología, uso y revisión exacta de fuente antes de cualquier cálculo o afirmación de compatibilidad.

2

2. CONGELAR PIEZAS ORDENADAS

Registre ID, función, orientación, secuencia exacta, longitud, checksum y recibo de cada pieza sin completar secuencias desde una etiqueta de motivo.

3

3. DEFINIR CADA UNIÓN

Vincule piezas aguas arriba y abajo y conserve estrategia, secuencia, overhang u homología y disposición de marco.

4

4. VALIDAR PERFIL EXACTO

Compruebe ID, revisión, fuente, aplicabilidad y exclusiones. Cualquier discrepancia de química o revisión queda BLOCKED.

Condition: REQUERIDO POR LA FUENTE — no hay fallback genérico.
5

5. REGISTRAR SUPUESTOS Y DESCONOCIDOS

Separe supuestos del usuario de evidencia no admitida. Campos editables ausentes quedan INCOMPLETE y afirmaciones no soportadas UNKNOWN.

6

6. EMITIR TRANSFERENCIA

Transfiera solo recibo de ensamblaje, requisito de hospedador, identidad de selección y desconocidos; no copie cantidades celulares ni umbrales.

7

7. CREAR SNAPSHOT ESPERADO

Congele checksum, uniones esperadas, regiones críticas y referencias antes de observar evidencia.

8

8. COMPARAR EVIDENCIA POR EJE

Compare secuencia, digestión o colony-PCR solo en ejes soportados y conserve discrepancias; nunca emita PASS biológico global.