Seqera Co-Scientist
Científico colaborativo de IA que diseña y ejecuta flujos bioinformáticos complejos mediante lenguaje natural.
Seqera Co-Scientist ayuda a investigadores a describir análisis en lenguaje natural y convertirlos en workflows reproducibles para datos biológicos.
💻 Requisitos del sistema
Según el modelo y el flujo
Según los datos procesados
⚡ Instalación
Consulta la documentación oficial de Seqera para configurar el servicio.
🧬 Casos de uso en biociencias
🔬 Diseño y despliegue automático de un pipeline de preprocesamiento NGS a gran escala
Se utiliza la CLI interactiva seqera ai para generar un flujo de trabajo RNA-Seq que incluye módulos FastQC y BWA-MEM. Se combinan códigos de más de 1,000 módulos de la base de datos nf-core para construir automáticamente código Nextflow DSL2 y optimizar los parámetros de tiempo de ejecución y costo.
🛠️ Depuración autónoma y asignación dinámica de recursos ante interrupciones del pipeline
Cuando se produce un error Out of Memory (OOM) durante la ejecución del flujo de trabajo Nextflow, el agente lee el archivo .nextflow.log de la tarea interrumpida para identificar la causa de la falta de memoria. Ajusta automáticamente el parámetro de memoria del proceso correspondiente de 8GB a 16GB y reintentar inmediatamente.
📦 Creación del entorno mediante aprovisionamiento de contenedores Wave
Para resolver las dependencias específicas de paquetes Python y R dentro del pipeline, se introduce una lista de requisitos conda/pip en la CLI. Esto permite que el servicio Wave construya instantáneamente contenedores ligeros compatibles con OCI sin necesidad de escribir manualmente un Dockerfile y los empuje automáticamente al registro de contenedores.
FAQ
¿Qué es Seqera Co-Scientist?
Seqera Co-Scientist ayuda a investigadores a describir análisis en lenguaje natural y convertirlos en workflows reproducibles para datos biológicos.
¿Cuándo debería usar Seqera Co-Scientist?
Científico colaborativo de IA que diseña y ejecuta flujos bioinformáticos complejos mediante lenguaje natural.
¿Cuál es un caso de uso biomédico de Seqera Co-Scientist?
🔬 Diseño y despliegue automático de un pipeline de preprocesamiento NGS a gran escala: Se utiliza la CLI interactiva seqera ai para generar un flujo de trabajo RNA-Seq que incluye módulos FastQC y BWA-MEM. Se combinan códigos de más de 1,000 módulos de la base de datos nf-core para construir automáticamente código Nextflow DSL2 y optimizar los parámetros de tiempo de ejecución y costo.
📝 Notas de actualización
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