GYDE (Guide Your Design and Engineering)
Plataforma de diseño biológico que integra múltiples modelos de IA como AlphaFold2, Boltz y Chai.
GYDE integra más de diez modelos modernos de proteínas mediante la API Slivka y los ejecuta desde una GUI web. Incluye visualización 3D basada en Mol*, MSA, mapas de calor y gráficos de predicción, además de un flujo coherente de ingeniería de anticuerpos.
Su modelo de datos combina secuencias, estructuras y resultados experimentales, admite CSV/XLSX/FASTA/PDB y conecta bases PDB, UniProt y Pfam. Ofrece control de acceso OAuth2, historial de versiones, API Send-to-GYDE y planificación HPC con LSF, Slurm y SunGrid Engine.
💻 Requisitos del sistema
Servidor web CPU; los modelos requieren GPU NVIDIA según el modelo.
Core ~500 MB; modelos y bases pueden requerir decenas o cientos de GB.
⚡ Instalación
Use la interfaz web de GYDE o importe datos mediante su endpoint Send-to-GYDE API.
🧬 Casos de uso en biociencias
Filtrado masivo de interacciones proteína-proteína
Prediga estructuras de candidatos PPI con AlphaFold2-multimer, filtre por pTM/ipTM y valide interfaces en el visor molecular.
Benchmark de métodos estructurales
Compare resultados de co-folding de Boltz-1 y Chai-1r en una sesión y seleccione el modelo óptimo.
Ingeniería racional de anticuerpos
Realice numeración, predicción, diseño de mutaciones CDR y evaluación de desarrollabilidad en un único flujo.
Optimización enzimática
Reproduzca diseños de saturación basados en ProteinMPNN para mejorar la eficiencia catalítica.
Diseño de binders de novo
Use BindCraft y RFDiffusion para redirigir cápsides AAV y analizar estructuras junto con datos experimentales.
Diseño iterativo colaborativo
Comparta sesiones versionadas entre biólogos computacionales, científicos experimentales y líderes de proyecto.
FAQ
¿Qué es GYDE (Guide Your Design and Engineering)?
GYDE integra más de diez modelos modernos de proteínas mediante la API Slivka y los ejecuta desde una GUI web. Incluye visualización 3D basada en Mol, MSA, mapas de calor y gráficos de predicción, además de un flujo coherente de ingeniería de anticuerpos. Su modelo de datos combina secuencias, estructuras y resultados experimentales, admite CSV/XLSX/FASTA/PDB y conecta bases PDB, UniProt y Pfam. Ofrece control de acceso OAuth2, historial de versiones, API Send-to-GYDE y planificación HPC con LSF, Slurm y SunGrid Engine.
¿Cuándo debería usar GYDE (Guide Your Design and Engineering)?
Plataforma de diseño biológico que integra múltiples modelos de IA como AlphaFold2, Boltz y Chai.
¿Cuál es un caso de uso biomédico de GYDE (Guide Your Design and Engineering)?
Filtrado masivo de interacciones proteína-proteína: Prediga estructuras de candidatos PPI con AlphaFold2-multimer, filtre por pTM/ipTM y valide interfaces en el visor molecular.
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