Cobalt
Servicio cloud de agentes de programación que proporciona ordenadores persistentes y aislados para cada tarea.
Cobalt instala dependencias, ejecuta bases de datos, modifica y prueba código, y entrega los resultados como commits y pull requests de GitHub.
💻 Requisitos del sistema
Según el modelo
Según los datos procesados
⚡ Instalación
Consulta la documentación oficial de Cobalt.
🧬 Casos de uso en biociencias
🔬 Validación de regresión del código de análisis genómico
Se solicita modificar el módulo de filtrado de variantes y ejecutar las pruebas en un repositorio de análisis genómico Python. Se establecen como condiciones de aprobación la fixture de VCF sintética 3 y la tasa de éxito de las pruebas unitarias existentes 100%. Tras revisar el PR generado por el investigador, se integra en el pipeline de análisis reproducible.
🧫 Desarrollo de funcionalidad de integración con base de datos experimental
Se ejecutan operaciones CRUD de metadatos de muestras y cambios de esquema en la base de datos de pruebas, estableciendo como condición obligatoria del PR las pruebas de integración sobre 20 instancias de fixture anonimizado. Se verifican los cambios sin conectar datos reales de investigación para reducir el riesgo de integración con LIMS.
🔬 Mantenimiento del procesamiento por lotes de imágenes microscópicas
Se especifica 1024×1024 instancias de imagen sintética 10 como fixture de entrada y se solicita la corrección de errores en el código de preprocesamiento y procesamiento por lotes. Tras verificar mediante pruebas el número de archivos de salida y la preservación de los metadatos, se aceptan el commit y el PR para que el responsable del análisis de imágenes apruebe los resultados.
FAQ
¿Qué es Cobalt?
Cobalt instala dependencias, ejecuta bases de datos, modifica y prueba código, y entrega los resultados como commits y pull requests de GitHub.
¿Cuándo debería usar Cobalt?
Servicio cloud de agentes de programación que proporciona ordenadores persistentes y aislados para cada tarea.
¿Cuál es un caso de uso biomédico de Cobalt?
🔬 Validación de regresión del código de análisis genómico: Se solicita modificar el módulo de filtrado de variantes y ejecutar las pruebas en un repositorio de análisis genómico Python. Se establecen como condiciones de aprobación la fixture de VCF sintética 3 y la tasa de éxito de las pruebas unitarias existentes 100%. Tras revisar el PR generado por el investigador, se integra en el pipeline de análisis reproducible.
📝 Notas de actualización
Aún no hay notas de actualización.
🧪 Código de la vida relacionado
Aún no hay publicaciones relacionadas de Código de la vida.