Cellpose
Segmentación celular universal basada en deep learning para generar máscaras automáticas de imágenes de fluorescencia y campo claro.
Cellpose es una herramienta de segmentación celular de código abierto desarrollada por el Mouse Lab de Janelia. Su arquitectura U-Net basada en vector flow generaliza la forma y los límites de las células sin reajustar parámetros para cada tinción.
Funciona sin datos de entrenamiento adicionales en fluorescencia, tejido H&E, células vivas y microscopía electrónica. Incluye GUI y aprendizaje human-in-the-loop para adaptar modelos con 100–200 imágenes. La ejecución local protege imágenes clínicas y también puede funcionar en CPU.
💻 Requisitos del sistema
Mínimo 8 GB, recomendado 16 GB; 32 GB o más para whole-slide grandes.
Se recomienda NVIDIA de 4 GB o más; CPU posible pero más lenta.
Modelo ~50 MB; paquete completo <1 GB.
⚡ Instalación
pip install cellpose[gui]
python -m cellpose
🧬 Casos de uso en biociencias
Segmentación automática en fluorescencia
Use cyto3 con imágenes DAPI y marcador de membrana para extraer miles de máscaras celulares.
Seguimiento temporal de células vivas
Combine Cellpose con omnipose y trackpy/btrack para detectar división, migración y muerte.
Análisis de tejidos H&E e inmunotinción
Cuente células inmunes y cuantifique TIL en imágenes H&E o IHC para biomarcadores de inmunoterapia.
FAQ
¿Qué es Cellpose?
Cellpose es una herramienta de segmentación celular de código abierto desarrollada por el Mouse Lab de Janelia. Su arquitectura U-Net basada en vector flow generaliza la forma y los límites de las células sin reajustar parámetros para cada tinción. Funciona sin datos de entrenamiento adicionales en fluorescencia, tejido H&E, células vivas y microscopía electrónica. Incluye GUI y aprendizaje human-in-the-loop para adaptar modelos con 100–200 imágenes. La ejecución local protege imágenes clínicas y también puede funcionar en CPU.
¿Cuándo debería usar Cellpose?
Segmentación celular universal basada en deep learning para generar máscaras automáticas de imágenes de fluorescencia y campo claro.
¿Cuál es un caso de uso biomédico de Cellpose?
Segmentación automática en fluorescencia: Use cyto3 con imágenes DAPI y marcador de membrana para extraer miles de máscaras celulares.
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