Biomni
Agente de IA especializado en biología que planifica y ejecuta de forma autónoma flujos complejos de ciencias de la vida
Biomni, lanzado por el laboratorio SNAP de Stanford el 9 de julio de 2026, es un agente generalista para ciencias de la vida que planifica y ejecuta flujos de investigación complejos. Combina el razonamiento de un LLM, planificación aumentada por recuperación y ejecución de código en un sandbox para formular hipótesis, escribir código y verificarlo automáticamente. Integra más de 150 herramientas bioinformáticas, 59 bases de datos seleccionadas y más de 105 paquetes de software. Puede configurar pantallas CRISPR, descubrir genes reguladores y procesar matrices scRNA-seq con anotación celular automática.
💻 Requisitos del sistema
0 con LLM por API; para modelos locales se recomienda una GPU NVIDIA de 8 GB o más
Al menos 30 GB de disco (incluye 11 GB para el data lake y el entorno)
⚡ Instalación
4-1. Inicio rápido
conda activate biomni_e1 pip install biomni --upgrade
4-2. Instalación detallada
1. Clonar el repositorio y entrar en el entornogit clone https://github.com/snap-stanford/Biomni.git cd Biomni/biomni_env
2. Elegir el tipo de instalación de Conda (Instalación básica) Crear un entorno para probar el agenteconda env create -f environment.yml
(Instalación completa) Instalar el entorno E1 con más de 150 herramientas (más de 10 horas y 30 GB)bash setup.sh
3. Activar el entorno e instalar el paquete pipconda activate biomni_e1 pip install biomni --upgrade
4. Configurar la clave API en el directorio del proyecto cp .env.example .env🧬 Casos de uso en biociencias
Diseño de pantallas CRISPR y selección de genes diana
Analiza 59 bases de datos para diseñar una pantalla CRISPR knockout, configura MAGeCK (alpha_cutoff=0.05) y recomienda 32 candidatos de gRNA que podrían reducir el agotamiento de células T.
Predicción ADMET y validación de hipótesis
Procesa una cadena SMILES con RDKit y SwissADME, calcula LogP=3,5 y actividad de bloqueo hERG IC50 > 10uM, y genera un informe de biocompatibilidad del candidato.
Anotación automática de scRNA-seq y microambiente inmunitario
Preprocesa matrices de expresión con Scanpy (min_genes=200, min_cells=3), anota clústeres mediante CellMarker y genera un informe de heterogeneidad tumoral.
FAQ
¿Qué es Biomni?
Biomni, lanzado por el laboratorio SNAP de Stanford el 9 de julio de 2026, es un agente generalista para ciencias de la vida que planifica y ejecuta flujos de investigación complejos. Combina el razonamiento de un LLM, planificación aumentada por recuperación y ejecución de código en un sandbox para formular hipótesis, escribir código y verificarlo automáticamente. Integra más de 150 herramientas bioinformáticas, 59 bases de datos seleccionadas y más de 105 paquetes de software. Puede configurar pantallas CRISPR, descubrir genes reguladores y procesar matrices scRNA-seq con anotación celular automática.
¿Cuándo debería usar Biomni?
Agente de IA especializado en biología que planifica y ejecuta de forma autónoma flujos complejos de ciencias de la vida
¿Cuál es un caso de uso biomédico de Biomni?
Diseño de pantallas CRISPR y selección de genes diana: Analiza 59 bases de datos para diseñar una pantalla CRISPR knockout, configura MAGeCK (alpha_cutoff=0.05) y recomienda 32 candidatos de gRNA que podrían reducir el agotamiento de células T.
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