BioinfoMCP
Plataforma open source que convierte herramientas bioinformáticas CLI en servidores MCP controlables por agentes de IA y verifica su integridad.
BioinfoMCP es una plataforma open source del equipo de Florensia Widjaja en CUHK Shenzhen, publicada en abril de 2026. Convierte automáticamente herramientas bioinformáticas basadas en CLI en servidores Model Context Protocol (MCP) que los agentes de IA pueden controlar y verifica la integridad de la conversión. Incluye un Converter que genera código MCP a partir de manuales y un Benchmark Suite que comprueba la comunicación y el mapeo de parámetros.
Las herramientas CLI de genómica tienen numerosos parámetros y dependencias, por lo que un LLM puede producir errores de sintaxis o aplicar opciones incorrectas. BioinfoMCP proporciona una interfaz estandarizada entre lenguaje natural y máquina: el agente ejecuta comandos mediante esquemas estructurados predefinidos sin tener que conocer sintaxis compleja de Shell.
Los investigadores pueden ejecutar canalizaciones NGS completas mediante consultas en lenguaje natural, desde control de calidad con FastQC hasta alineamiento con Bowtie2 y peak calling con MACS3. Al proporcionar la salida --help o un manual PDF, el sistema puede empaquetar un servidor operativo en minutos y reducir el tiempo necesario para añadir herramientas propias y automatizar experimentos.
💻 Requisitos del sistema
Puede ejecutarse en CPU (sin VRAM al usar APIs OpenAI/Anthropic; se recomiendan 8 GB o más para un LLM local)
Hasta aproximadamente 1 GB para el entorno Conda y la descarga de paquetes
⚡ Instalación
4-1. Inicio rápido
Clonar el repositorio y crear un entorno Condagit clone https://github.com/florensiawidjaja/BioinfoMCP.git cd BioinfoMCP conda create -n bioinfomcp-env python=3.10 -y conda activate bioinfomcp-env
Instalar paquetes necesariospip install fastmcp openai
4-2. Instalación detallada
1. Configurar la clave API (crear .env)echo "OPENAI_API_KEY=your_openai_api_key" > .env echo "OPENAI_MODEL=gpt-4o-mini" >> .env
2. Convertir automáticamente una herramienta CLI a partir de su manual o texto --helppython -m main --name fastqc --manual "--help" --run_help_command True --output_location ./output/
3. (Opcional) Instalar la herramienta bioinformática real (p. ej., FastQC)conda install -c bioconda fastqc -y
🧬 Casos de uso en biociencias
Aplicación práctica
BioinfoMCP es una plataforma open source del equipo de Florensia Widjaja en CUHK Shenzhen, publicada en abril de 2026. Convierte automáticamente herramientas bioinformáticas basadas en CLI en servidores Model Context Protocol (MCP) que los agentes de IA pueden controlar y verifica la integridad de la conversión. Incluye un Converter que genera código MCP a partir de manuales y un Benchmark Suite que comprueba la comunicación y el mapeo de parámetros.
Las herramientas CLI de genómica tienen numerosos parámetros y dependencias, por lo que un LLM puede producir errores de sintaxis o aplicar opciones incorrectas. BioinfoMCP proporciona una interfaz estandarizada entre lenguaje natural y máquina: el agente ejecuta comandos mediante esquemas estructurados predefinidos sin tener que conocer sintaxis compleja de Shell.
Los investigadores pueden ejecutar canalizaciones NGS completas mediante consultas en lenguaje natural, desde control de calidad con FastQC hasta alineamiento con Bowtie2 y peak calling con MACS3. Al proporcionar la salida --help o un manual PDF, el sistema puede empaquetar un servidor operativo en minutos y reducir el tiempo necesario para añadir herramientas propias y automatizar experimentos.
FAQ
¿Qué es BioinfoMCP?
BioinfoMCP es una plataforma open source del equipo de Florensia Widjaja en CUHK Shenzhen, publicada en abril de 2026. Convierte automáticamente herramientas bioinformáticas basadas en CLI en servidores Model Context Protocol (MCP) que los agentes de IA pueden controlar y verifica la integridad de la conversión. Incluye un Converter que genera código MCP a partir de manuales y un Benchmark Suite que comprueba la comunicación y el mapeo de parámetros. Las herramientas CLI de genómica tienen numerosos parámetros y dependencias, por lo que un LLM puede producir errores de sintaxis o aplicar opciones incorrectas. BioinfoMCP proporciona una interfaz estandarizada entre lenguaje natural y máquina: el agente ejecuta comandos mediante esquemas estructurados predefinidos sin tener que conocer sintaxis compleja de Shell. Los investigadores pueden ejecutar canalizaciones NGS completas mediante consultas en lenguaje natural, desde control de calidad con FastQC hasta alineamiento con Bowtie2 y peak calling con MACS3. Al proporcionar la salida --help o un manual PDF, el sistema puede empaquetar un servidor operativo en minutos y reducir el tiempo necesario para añadir herramientas propias y automatizar experimentos.
¿Cuándo debería usar BioinfoMCP?
Plataforma open source que convierte herramientas bioinformáticas CLI en servidores MCP controlables por agentes de IA y verifica su integridad.
¿Cuál es un caso de uso biomédico de BioinfoMCP?
Aplicación práctica: BioinfoMCP es una plataforma open source del equipo de Florensia Widjaja en CUHK Shenzhen, publicada en abril de 2026. Convierte automáticamente herramientas bioinformáticas basadas en CLI en servidores Model Context Protocol (MCP) que los agentes de IA pueden controlar y verifica la integridad de la conversión. Incluye un Converter que genera código MCP a partir de manuales y un Benchmark Suite que comprueba la comunicación y el mapeo de parámetros. Las herramientas CLI de genómica tienen numerosos parámetros y dependencias, por lo que un LLM puede producir errores de sintaxis o aplicar opciones incorrectas. BioinfoMCP proporciona una interfaz estandarizada entre lenguaje natural y máquina: el agente ejecuta comandos mediante esquemas estructurados predefinidos sin tener que conocer sintaxis compleja de Shell. Los investigadores pueden ejecutar canalizaciones NGS completas mediante consultas en lenguaje natural, desde control de calidad con FastQC hasta alineamiento con Bowtie2 y peak calling con MACS3. Al proporcionar la salida --help o un manual PDF, el sistema puede empaquetar un servidor operativo en minutos y reducir el tiempo necesario para añadir herramientas propias y automatizar experimentos.
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